９月２３日，卫生部和陕西省委、省政府得知此事后，高度重视。卫生部部长陈竺、党组书记高强和陕西省委书记赵乐际、省长袁纯清立即作出指示，要求采取应急处置措施，稳妥处理，保护儿童健康。卫生部和陕西省卫生厅已经成立联合调查小组，于２３日晚进驻该院全面调查死亡原因。初步调查，新生儿死亡可能与院内感染有关。

　　９月２４日晚，陕西省副省长郑小明召开紧急会议，就处置好此次事件作了安排部署，要求对新生儿病房立即关闭、消毒，对全院进行彻底检查，以防新的病例发生。

　　据调查，这几例新生儿死亡病例，未食用婴幼儿配方奶粉，与奶粉事件无关。９月１６日医院采取预防感染措施后，未发生死亡病例。

　　鉴于交大医学院第一附属医院未按规定向卫生行政部门报告，陕西省委、省政府责成西安交通大学党委追究一附院领导迟报、瞒报的责任。