武汉新型冠状病毒疫情早期确诊的病例，大多来自武汉华南海鲜市场。2019年12月31日，根据中国疾控中心要求，该所选派专家组赴武汉参加疫情防控，于2020年1月1日凌晨，起草《环境溯源工作方案》。1月1日上午8时赴华南海鲜城，针对病例相关商户及相关街区集中采集环境样本515份，运送至病毒病所进行检测。1月12日，病毒病所专家再次在华南海鲜市场采集野生动物贩卖商铺相关标本70份，并转运至实验室进行检测。
 
两批华南海鲜城的样本共计585份，PCR检测结果显示其中33份标本为新型冠状病毒核酸阳性。这些阳性样本分布在市场上的22个摊位和1个垃圾车，其中93.9%(31/33)阳性标本分布在华南海鲜市场的西区。经调查发现，华南海鲜市场名义上是海鲜市场，但实际上却是个综合市场。华南海鲜市场西区存在野生动物交易，尤其是西区的七街和八街靠近市场内部的区域存在多家野生动物交易商铺，而这一区域的阳性标本也比较集中，占全部阳性样本的42.4%(14/33)。综上所述，高度怀疑此次疫情与野生动物交易有关。

对核酸检测阳性的样本，病毒病所采用冠状病毒敏感细胞系开展了病毒分离工作，从电镜观察、PCR和深度测序结果均提示，成功从环境样本中分离到新型冠状病毒，进一步证实在华南海鲜城环境中存在着大量的新型冠状病毒2019-nCoV。