初到昆明的吴佩衡人地生疏，“备受刁难和欺负”，才取得行医资格证书。
　　
吴佩衡针对当地风干物燥，凉药使用太多的实际情况，研究出独特的“温热治疗”方法，同时治愈了两个当地名流之子的疾病，渐渐立稳了脚跟。一是昆明市长的儿子，患伤寒西医久治不愈，并宣告无治，但被其治好；二是昆华医院(现云南省人民医院)院长的儿子同样患伤寒，院长虽为西医却无法救治儿子，同样被吴佩衡治愈。
　　
1929年4月24日，国民政府中央卫生委员会通过了以余云岫为代表的“废止旧医以扫除医药卫生之障碍案”，这在历史上被称为“废止中医案”，一时间震动四海。吴佩衡遂作为云南省唯一代表去上海参加了有17个省的237个集体457名代表出席的“神州中医总会”，明确向政府表示反对“废止案”。大规模的抗议活动使其未能施行。
　　
但是，国民政府也借机对中医提出了“不准办学校，不准办医院，只能民间行医，必须由政府组织考试发证”，教育、卫生两部也通令“中医禁止参用西药及器械”等众多限制条件。
　　
在沪期间，吴佩衡治愈了调赴抗日前线的滇军第三军军长王军的多年胃病。在王军的鼓励和帮助下，他留在上海行医6年，后因战事危急，1936年底率全家回到昆明。昆明市和云南省先后成立了“中医公会”，吴佩衡均被推举为理事长。

由于随后国民政府对中医仍然是一种不支持态度，希望其自生自灭，加上当时中医流派甚多，相互间关系不融洽，吴佩衡非常着急。1948年，已被云南省政府聘为“云南考试委员会主事委员”的吴佩衡拿出大部分家产，并在一些医界朋友、病友的赞助下开办了“云南省私立中药专科学校”，并自任校长。
　　
1950年云南解放后，学校被要求“捐给国家”。随后，新中国的昆明市、云南省先后开办了各种“中医进修班”、“中医学校”，都聘请吴佩衡担任教师或要职，1960年成立云南中医学院后更任命其为院长。
　　
吴佩衡于1945年创办《国医周刊》，把自己的所想所得和治疗实例以文字形式流传下来。其多年的行医案例和经验被后人结成《吴佩衡医案》一书，“对临床医生提高疗效很有裨益”。 　
　　
儿子的继承
　　
“我自小在这样的中医家庭长大，可以说对中医的知识和功效是深有所知。”1937年出生的吴生元说，“全家人无论得了什么病，都是父亲用中医治疗好的。”
　　
1955年，吴生元考上了云南大学医学院(今昆明医学院)学习西医。1960年毕业后作为“优秀西医人才”被政府有关部门指定为父亲的“学术继承人’。
　　
在中国的中医界，吴佩衡素有“吴附子”的尊称，原因在于其在治疗过程中善用附子。吴生元表示，中医界对父亲这样的称呼“也对也不对”，父亲善用附子是事实，但是父亲擅长的治疗技术还有许多，不仅仅是附子，其学术面非常广。
　　
他说：“由于附子有毒副作用，中国药典规定用量为3～15克，但父亲在具体治疗中远远超过这个‘规定’，最多时甚至达到了800克，而且对病人都很有效，从未造成不良案例。父亲常表示‘古有病大药大、药毒病毒之说’，关键是要诊断确切，处方对证。当然，附子的用量也并非越大越好。''
　　
“我并不认可有人将我们使用附子的方法称作‘火神派’。”吴生元说，“附子在中国各地区使用情况的不同其实很有趣，四川、云南一带的中医比较接受我父亲的学术观念，而北方和沿海地区的中医则不尽然，他们一般只敢开3克，最多不超过10克。”
　　
究其原因，吴佩衡有过如此见解：中国沿海、北方地区自古达官贵人居多，故当地中医们担心得罪不起，在下药方面非常小心，剂量使用都非常保守，而给皇帝治病的太医们就更不用说了，稍有不慎就会换来满门抄斩；因此那些地区就出现“只能治小病，不敢治大病”的情况，这也是皇帝们的病总是不能彻底治愈，寿命不长的重要原因之一。
　　
“而较以前的西南地区而言，经济相对贫困，百姓生活质量较低，也就给了中医们大展身手的机会了。”吴生元说，“父亲就是在这样的环境下勇敢地进行了自己的医疗尝试，并且获得了成功，的确是挑战与机遇并存的结果。父亲曾经开玩笑说，北方和沿海地区的中医属于‘官家派’，而西南地区的中医属于‘民间派’，最大的区别并不在于水平高低，而在于胆识的大小。”
　　
20世纪60年代中的“文革”，使吴佩衡父子都受到了冲击，经常性的批斗使吴佩衡心力交瘁，多次中风，于1971年4月郁郁离世。后来，吴佩衡获得平反，吴生元也逐渐成为云南新一代名中医，并于1985年2月调任云南省中医院院长。
　　
现在，在具体的治疗中，吴生元对附子的使用明显少于父亲，他最多用到100克，少有的严重病症也只用到200克。对比自己与父亲的异同，吴生元认为在胆识和经验方面自己不如父亲。而随着西医大量运用各种物理、化学仪器，同时在药理病理方面研究的进步，以前许多需要凭经验判断的病情现在通过仪器检测就可以轻易完成，所以吴生元认为“自己在诊断方面明显超过父亲”，“但是也因为可以借助的仪器太多，影响了自己学术上的进步”。
　　
“我中西医都学过，对两种医学都有所了解。”吴生元说，“目前中国社会中出现了许多关于中西医的争论是非常无聊的。中医在中国废止不了、消灭不了，相反逼迫着中医界走出一条与西医取长补短，同步发展的新路。”
　　
吴生元觉得现在的情况好像让自己回到了过去的时代，回到了父亲那代老中医的捍卫故事中，这使他感觉很无奈。他说：“现在国内一些院士、学者不断跳出来指责中医，尽管他们多数都没有学习过中医，或者并不了解中医，但却语出惊人，甚至把演员陈晓旭的死亡原因也归结于中医，难道西医能够治愈晚期乳腺癌吗?我觉得这样的情况已经不是一种学术讨论了，而是在哗众取宠、沽名钓誉。”
　　
“存在的就是合理的。”吴生元表示。能够留存下来的方法，都是经过长期总结、完善，被广大群众所接受的。
　　
面对咄咄逼人的“进攻”，中医们好像抵抗乏力。吴生元说：“通过父亲的一生和我个人数十年的经历和感受，我的真实体会是许多中医师，特别是年轻一代中医师现在已经失去了信心，因为他们没有好好继承和学习前人的东西，没有领会到中医的真谛，相反急功近利地大量使用西医的方法。如何把古代或过去的中医经验、技术转化为现代所用，是一项伟大而长期的事业，这里面需要大量的人，大量的奉献精神。”
　　
“中西医都必须保持自己独特的诊疗渠道，我非常反对现在有些人提的‘中西医结合’，这样的后果会使中医学变成蝙蝠，既不是飞禽也不是走兽。”

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