“神明”一词，《内经》曾多处应用，计《素问》14次，《灵枢》2次，且专有《八正神明论》篇。然考其含义，则各随自然界与人体特性之异，乃有不同划分。

其论自然界“神明”者，《气交变大论》外，《生气通天论》有“服天气而通神明”，《阴阳应象大论》有“阴阳者……神明之府”等。吴昆注释“神明”称：“阴阳不测之谓神，神之昭昭之谓明。”据《淮南子·泰族训》云：“其物生也，莫见其所养而物长；其杀物也，莫见其所丧而物亡，此之谓神明”。可见古人把自然界一切事物的发生、发展、消亡等不以人们意志为转移，而又确实存在着复杂有序的、千变万化甚至难以测度的运动规律，称之为“神明”。即使使用阴阳这一解释事物的说理工具，也难以测定，因此《天元纪大论》及《周易》等典籍均给以定义：“阴阳不测谓之神。”显然如若解释这一概念，还必须用元气、三才、四象、五行、六合、七政、八卦、九宫等所有阐释事物运动规律的相关工具，总体地站在“时空观”的全面方位上加以考察，才能真正得以了解。

至于论述人体的“神明”，《素问·灵兰秘典论》则专指心的生理功能，如谓“心者，君主之官，神明出焉”。此处所言可以认为是“神而明之”的简称。它在特定地表示人的精神意识和聪明智慧，也即《灵枢·本神》所谓“两精相搏谓之神”的含义。可以说它是对魂、魄、意、志、思、虑等精神意识活动的总称。孟子称“心之官则思”，李时珍称“脑为元神之府”等，都是对这种“神明”的极好注释。事实上，人的“心思”、脑的“思维”，人人各异，变幻万端，难以揣度，也可以说是“阴阳不测”而“神之昭昭”。

关于“神”的概念，中国文化中颇多涉及。大体可分为“天之神”和“人之神”两类。

“天之神”，其原始含义指“天神”。《说文解字》释：“神，天神引出万物者也。”徐灏注称“天地生万物，物有主元者曰神”，认为神是天地万物的主宰。这一含义在《内经》中的运用不多，仅有“昔在黄帝，生而神灵”（《素问·上古天真论》）和“拘于鬼神者，不可与言至德”（《素问·五脏别论》）两处。运用更多的则是“天之神”的第2种含义——宇宙变化的内在规律。这又与《周易》“神无方而易无体”、“阴阳不测之谓神”相似。因此，朱伯昆在《中国大百科全书·哲学》释云：“神，最初指主宰自然界和人类变化的天神，后来经过《易传》和历代易学家、哲学家的解释，到张载和王夫子，演变为用来说明物质世界运动变化性质的范畴，成为内因论者反对外因论的理论武器。”

“人之神”，《内经》着重强调“神机”与“神明”。把人体的孕育、出生、发展、变化等生命活动的具体表现，和情志思维的活动过程及其反映形式，统以“神”来概括。并且用形神一体、精气神一体的理论，阐述活体人的状态；用五神脏理论，阐述脏腑运动的状态；用“心者，君主之官，神明出焉”及“心为五脏六腑之大主”理论，阐述人体生命活动（当然包括精神情志思维活动）受其主宰的状态。