首先要破除的，是哲学方面的。长期以来，我们把政治的哲学拿到医学的文化哲学研究上面，就是一个迷信。比如我们学中医的第一堂课就说中医是朴素唯物主义，是自发的辩证法。但如果从事中医到了一定程度，回过头来想想看，中医是唯物的吗？中医的许多思想、内涵、概念是唯物的吗？肾藏精，谁把肾藏精拿出来看看；肾藏命门火，谁把命门火拿出来看看怎么烧的。应用之妙，存乎一心，医者意也，它有唯心的一面。

　　政治哲学的延伸把中国人的思想熏陶成两极，一分为二，非白即黑，小孩子看电影，除了好人坏人没有第三种人。对哲学的判断也是，唯物主义就是好的，唯心主义就是坏的。唯心主义真的不可饶恕吗？有一说法称中医唯象，唯象是唯物和唯心皆有。不必硬把中医往唯物上靠，要破除这个迷信，把中医的本原拿出来看到底是什么东西。

　　其次要破除的，是对科学的迷信。现在中国，“科学”两个字几乎成了“真理”的代名词。科学是真理吗？我认为科学不是真理，科学只是真理的来源，是真理的一条路。实际上中医的文化比科学更高一个层次。科学只是人类认识社会的一个门类。

　　“科学霸权”很多时候把中医一棍子打死。此类事情中医界不少，比如羚羊角和山羊角在中医临床上的疗效大不相同。我看病那么多年，临床上用少许羚羊角粉，功效抵上很多山羊角粉。然而，在实验室里“科学”检测，两者的成分基本一样。这里面就有文化层面价值上的认定。

　　王旭东表示，现在中医学发展的一个困扰在于文化冲突，文化冲突当前表现为中医的灵魂被西医价值观所挤占，并影响到中医的价值取向、认知方式、思维模式和审美情趣。