从心论治用药
《本经》说菖蒲能“开心孔，补五脏，通九窍，明耳目，出音声……久服轻身不忘，不迷惑，延年，益心智，高志不老”。按此说菖蒲开心孔益心智，实指健脑醒神之功。李时珍解释说，谓其人手少阴，足厥阴，心气不足者需之。又引《道藏经·菖蒲传》节略其要以论其功曰：“菖蒲者，水草之精英，神仙之灵药也……填血补脑，坚骨髓长精神，润五脏裨六腑，开胃口，和血脉，益口齿，明耳目，泽皮肤。”(卷十九·菖蒲)因其有填血补脑之功，故能长精神、强心智，并恢复脑府元神对脏腑九窍、肢体百骸的调节支配功能。
今人用石菖蒲注射液治疗肺性脑病，总有效率为74．97％，治疗后的症状与体征的改变，以意识障碍、精神和神经症状减轻或消失为明显，其次咳喘、紫绀亦有改善，其机理主要在于增加通气功能和降低机体耗氧量(《中医年鉴》，1983年)。冉雪峰《中风临证效方选注》说：“脑统辖全体，工作繁忙，脑的需氧也多，故脑的缺氧也易。如神经衰弱血液不充，氧化不够，及内脏机能衰疲，不能上达脑部，致成贫血缺氧；或证本为实为热，而燎原之余，心力下降，化机欲息，脑部与内脏交通隔绝，机能顿停，则补法均在必须。”
菖蒲能增强通气功能，则由肺而达于脑之血液也必至，是故谓菖蒲入于手少阴心经，填血补脑，则不惑不忘，其有裨于元神脑府理已甚明。
从血论治用药
《本经》载干漆“绝伤补中，续筋骨，填髓脑，安五脏，五缓六急，风寒湿痹，生漆去长虫，久服轻身耐老”。李时珍说：“漆性毒而杀虫，降而行血，所主诸证虽繁，其功只在二者而已。”(卷三十五·漆)据此则干漆填髓脑之功，当取其能降而行血，故《本草逢原》说干漆“《本经》治绝伤，是取其破宿生新之力也”。若脑府血管意外，血液阻滞于内，则停而成瘀，于是新血不能周循，必致脑髓失养，进而导致元神丧失其正常功能产生诸种证候。若得干漆破瘀行血，则新血复行，气亦从之，岂非脑府得养，髓充神复乎?此乃以通为补之法。观冉雪峰论中风方有透络一法，收《外台》地黄破血丸，由生地汁、生牛膝汁、干漆3味组成。该方即取干漆活血透络之用。类此，李时珍还说：“地榆汁酿酒，治风痹，补脑。”地榆多用以止血，李时珍说：“止血取上截切片炒用；其梢则能行血，不可不知。”(卷十二下·地榆)可见地榆治风痹、补脑，亦取其能行血的作用。
地榆补脑之说首载于《神仙服食经》，转载于《齐民要术》，李时珍收录于《本草纲目》，并增释药理，以广其治脑病之用。此法对某些脑病所致之神经、精神变态如偏瘫、失语、智力减退等有瘀血证候者，开拓了治疗用药途径。
李时珍既提倡脑府元神说又不否认五神脏论。因此，在有关脑病的药物治疗上，便充分体现了传统的中医特色——整体辨证论治精神。对今天中医论治脑病仍有极大的实用价值。
由于历史的局限，李时珍对脑府功能的阐述较零散，认识还不完备。同时，由于传统五神脏论占主导地位，从而限制了他的思想的发挥。但是，李时珍作为中医脑学科的开拓先驱是当之无愧的。
