脑作为元神之府，同脏腑一样，也会因六淫七情等内外因素致病。但在以五脏为中心的理论系统中，脑是隶属于脏腑的。元神虽发自脑府，其作用则体现于脏腑百骸，故其为病亦从脏腑论治。李时珍对脑病的治疗与用药体现了这一精神。
从肾论治用药
《本经》载：“胡麻填脑髓，久服轻身不老。”(《本草纲目·卷二十二·胡麻》。下凡引此书，只记卷数)李时珍认为此乃“取其黑色入通于肾，而能润燥也。”《参同契》亦云“巨胜可延年，还丹入口中”。因胡麻能益精滋肾，故有填髓补脑健神抗老的作用，此即道家说巨胜(胡麻)可以延年的道理所在。完全摒弃了道家神秘的外衣，而揭示其科学的内涵。从对胡麻填髓脑机理的分析，可见李时珍是从肾生髓主脑的脏象理论来理解的。肾生髓属阴，脑者，阴也。故清·何西池说：“在下为肾，在上为脑，虚则皆虚。” (《医碥》第1版，上海科学技术出版社)是以滋肾填精之品，则亦能补脑髓之亏损。
冉雪峰《中风临证效方选注》尝谓“脑无补法，此则居然生出补法来。”此之谓也。
从脾论治用药
《本经》载：辛夷能治“寒热头风脑病……明目，增年益老。”李时珍说：“辛夷之辛温走气而入肺，其体轻浮，能助胃中清阳上行通于天，所以能温中治头目面鼻九窍之病。”(卷三十四·辛夷)按此论不谓辛夷之味辛走散祛邪，而取其质地轻浮，能温中助脾胃清阳之气上行达脑，治疗因中州清阳下陷，脑失所养，则元神失其调节内脏官窍的机能，故头为之倾，九窍为之不利的病。揭示从脾胃入手益气升阳乃脑病治疗之一法。
冉雪峰《中风临证效方选注》论古人用益气升阳法说：“彼时只知补建中气，以为调和内外之本，此为内脏与脑神经的关系。”如脑贫血多虚证，“虚证宜补健，宜升扬，脑贫血原因虽多，而中气颓废，不能充沛，为内脏与脑部机能障碍最大原因。气过血还，气至血至……不求之血，而求之气，已证入治疗学理之最深层”。以此言来看李时珍论升脾阳而通天，调治头脑与九窍之病，实在渗透脑病学理。其论启迪后人，高出千古。
从肺论治用药
《本草纲目》所增石胡荽一药，谓之“鹅不食草，气温而升，味辛而散，阳也，能通于天，头与肺皆天也，故能上达头脑，而治项疼，目病”(卷二十·石胡荽)。《本草汇言》疏其义说，石胡荽“其味辛烈，其气辛熏，其性升散，能通肺经上达头脑……头中寒邪，头风脑痛诸疾，皆取辛温升散之功也。”辛能入肺，石胡荽辛散，由肺入脑，能祛散入于脑府风寒之邪。由是观之，凡辛味香药，多具升散之功而能上达头脑，祛除内寒之邪。故《本经》还谓细辛能治“头痛脑动，百节拘挛……明日利九窍”。又说川芎主“中风入脑头痛”。冉雪峰《中风临证效方选注》指出：“如谓燥火暑湿等邪气均能犯脑，而则谓善行数变之风更不能不犯脑。风邪既可犯脑，则疗此项脑病者，自当追求风之因素。”如“风邪乘虚深入，挟秽浊上犯脑海，发为痉挛”，则用辛温之愈风汤(荆芥为末服)治之。又有去风丹，乃辛凉之浮萍1味为末，主36种风，两方温凉虽异，而都味辛，故能入肺，上达头脑祛邪以治脑病。李时珍之说，乃此论之先河。
从肝论治用药
陶弘景谓槐子“服之令脑满，发不白而长生”。苏颂则谓槐“拆嫩房角作汤代茗，主头风，明目补脑，水吞黑子，以变白发”。李时珍引《梁书》说：“庾肩吾常服槐实，年七十余，发鬓皆黑，目看细字，亦其验也。”(卷三十五·槐)以实例论证槐子具有益脑明目乌发延年之功。槐实苦寒，入厥阴肝经，有凉肝之效。若肝经风火上冒于脑，则头眩耳鸣目瞀。陈藏器说槐子主“头脑心胸间热，风烦闷。风眩欲倒，心头吐涎如醉，漾漾如舡车上者”(同上)，说明槐实平肝经风火，则脑即清宁，岂非益脑主头风治本之法乎？故《辨证奇闻》说：“治肝正所以益脑。”
现代药理证实，槐角浸膏对家兔有升血糖作用，酊剂小剂量可提高中枢神经系统兴奋性。观古代用以补脑，其服法每次仅吞吐1粒，剂量颇小，这是否有助于活跃大脑中枢神经机能值得深究。然而中医学循其证候从肝论治用药，治法之妙，后世有更多发展。
